Przy dodaniu nowej reguły (automator) wiadomości są kopiowane do nowego subfolderu, a nie przenoszone! Aczkolwiek przy usunięciu ze skrzynki odniorczej wiadomości - wiadomość z subfolderu również znika.
Jeśli e-mail znajduje się w subfolderze, to jest on również widoczny w folderze nadrzędnym. Jest to zamierzone zachowanie, analogiczne do spotykanego w innych klientach pocztowych. Wiadomość znika z obu widoków, ponieważ jest to dokładnie ta sama wiadomość. W Funneli nie ma możliwości wykonania kopii maila.